Master akademske studije teologije predstavljaju produbljenje studije, koje se nastavljaju na osnovne akademske studije. Njihov osnovni cilj je sintetičko i specijalizovano obrazovawe u teologiji i kompementarnim disciplinama prema višim i temeljnijim zahtjevima poznavanja materije teologije , kontaktnih i komplementarnih disciplina. Master akademske studije teologije studentima treba da omoguće ne samo kompententnu orijentaciju u globalnim i parcijalnim teološkim pitanjima i problemima, kao i razvijawe sposobnosti samostalnog teorijskog i kritičkog mišljenj, nego i dublje sintetičke uvide u totalitet teologije, u posebna disciplinirana područja teologije, njihovo prožimawe sa drugim oblastima nauke, kao i u posebne teološke i interdisciplinirane probleme.
Imalac diplome ima pravo da upiše studije trećeg ciklusa u trajanju od tri godine. Studenti završetkom master akademskih studijateologije vladaju kako opštim tako i predmetno specifičnim sposobnostima odnosno vladaju produbljenijim zahtjevima operisanja materijalom teologije i komplementarnih disciplina: poznaju ključne postavke svih relevantnih teoloških disciplina, sposobni su da samostalno vrše analizu, sintezu i predviđaju posledice i iznalaze rješenja u relevantnim teološkim pitanjima, vladaju metodama, postupcima, procesimau naučnim istraživanjima, posjeduju kritičke i samokritičke pristupe, mišljenja i dublje sintetičke uvide u totalitet teologije i njenu interakciju sa drugim diciplinama, primjenjuju stečenaznanja u praksi, posjeduju komunikacione sposobnosti i spretnosti, sarađuju sa užim socijalnim i međunarodnim okruženjem, posjeduju visoko razvijenu profesionalnu etiku, vladaju informaciono-komunikacijskim tehnologijama, posjeduju kompetencije višeg stepena složenosti za rad u prosvjetnoj, pastoralnoj, obrazovno-naučnoj, kulturnoj, administrativnoj i medijskoj djelatnosti.Master teolozi osposobljeni su za izvođenje vjerske nastave u osnovnim i srednjim školama, za izvođenje nastave iz teološke grupe predmeta u srednjim stručnim bogoslovskim školama - bogoslovijama, za djelatnost saradnika u nastavi na univerzitetskimstudijama teologije i u naučnim institucijama na poslovima mlađih naučnih istraživača, za organizacioni i kreativni rad u crkvenim organizacijama i strukturama, institucijama kulture i masmedijama.