Master akademske studije Teologije predstavljaju produbljene studije, koje se nastavljaju na osnovne akademske studije. Njihov osnovni cilj je sintetičko i specijalizovano obrazovanje u teologiji i komplementarnim disciplinama prema višim i temeljnijim zahtjevima poznavanja materije teologije, kontaktnih i komplementarnih disciplina. Master akademske studije Teologije studentima treba da omoguće ne samo kompetentnu orijentaciju u globalni i parcijalnim teološkim pitanjima i problemima, kao i razvijanje sposobnosti samostalnog teorijskog i kritičkog mišljenja, nego i dublje sintetičke uvide u totalitet teologije, u posebna disciplinirana područija teologije, njihovo prožimanje sa drugim oblastima nauke, kao i u posebne teološke i interdisciplinirane probleme.
Imalac diplome ima pravo da upiše studije trećeg ciklusa u trajanju od tri godine. Srudenti završetkom master akademskih studija Teologije vladaju kako opštim tako i predmetno specifičnim sposobnostima, odnosno vladaju produbljenijim zahtjevima operisanja materijalom teologije i komplementarnih disciplina, poznaju ključne postavke svih relevantnih teoloških disciplina, sposobni su da samostalno vrše analizu, sintezu i predviđaju posledice i iznalaze rješenja u relevantnim teološkim pitanjima, vladaju metodama, postupcima, procesima u naučnim istraživanjima, posjeduju kritičke i samo kritičke pristupe, mišljenja i dublje sintetičke uvide u totalitet teologije i njenu interakciju sa drugim disciplinama, primjenjuju stečena znanja u praksi, posjeduju komunikacione sposobnosti i spretnosti, sarađuju sa užim socijalnim i međunarodnim okruženjem, posjeduju visoko razvijenu profesionalnu etiku, vladaju informaciono-komunikacijskim tehnologijama, posjeduju kompetencije višeg stepena složenosti za rad u prosvijetnoj, pastoralnoj, obrazovno-naučnoj, kulturnoj, administrativnoj i medijskoj djelatnosti. Master teolozi osposobljeni su za izvođenje vjerske nastave u osnovnim i srednjim školama, za izvođenje nastave iz teološke grupe predmeta u srednjim stručnim bogoslovskim školama-bogoslovijama, za djelatnost saradnika u nastavi na univerzitetskim studijama teologije i u naučnim institucijama na poslovima mlađih naučnih istraživača, za organizacioni i kreativni rad u crkvenim organizacijama i strukturama, institucijama kulture i mas medijama.